Tim tuan rumah tidak mengendurkan serangan memasuki babak kedua. Bola tembakan Dayot Upamecano pada menit ke-49 masih melayang di atas mistar.
Gol yang ditunggu-tunggu Bayern tiba pada menit ke-51 ketika Robert Lewandowski mencatatkan namanya di papan skor setelah menyelesaikan umpan pendek dari Thomas Mueller.
Baca Juga: Kalahkan Dortmund, Bayern Munchen Juara Piala Super Jerman
Bayern terus menggempur lini belakang Villarreal demi mendapat gol kedua, tapi bola sundulan Mueller pada menit ke-70 belum menemui sasaran.
Namun Villarreal malah bisa menyamakan kedudukan atas Bayern tiga menit sebelum waktu normal habis ketika pemain pengganti, Samuel Chukwueze mencetak gol tap-in setelah memaksimalkan umpan tarik Gerard Moreno.
Gol penyeimbang itu semakin membuat panas para pemain Bayern, skuad Julian Nagelsmann terus menggempur pertahanan The Yellow Submarine.
Baca Juga: Liga Champions : Bayern Munchen Lolos Fase Grup Usai Kalahkan RB Salzburg
Namun hingga peluit panjang dibunyikan wasit tidak ada perubahan angka di papan skor. Hasil akhir 2-1 menjadi kemenangan Villarreal dan melaju ke semifinal.
Susunan Pemain:
Bayern Muenchen (3-2-4-1): Manuel Neuer; Benjamin Pavard, Dayot Upamecano, Lucas Hernandez; Leroy Sane, Leon Goretzka, Joshua Kimmich, Kingsley Coman; Thomas Mueller, Jamal Musiala, Robert Lewandowski.
Villarreal (4-4-2): Geronimo Rulli; Pervis Estupinan, Pau Torres, Raul Albiol, Juan Foyth; Francis Coquelin, Daniel Parejo, Etienne Capoue; Arnaut Danjuma, Gerard Moreno, Giovani Lo Celso.***